一、法律依据不同

医疗事故鉴定依据《医疗事故处理条例》、《医疗事故分级标准（试行）》和《医疗事故鉴定技术暂行办法》。

医疗损害鉴定依据《民事诉讼法》、《民事诉讼证据规定》、《法医司法鉴定执业分类规定》、《司法鉴定程序通则》、《医疗纠纷防治条例》和《最高人民法院关于审理医疗损害责任纠纷案件适用法律若干问题的解释》。

医疗事故鉴定

二、鉴定结论证据效果不同

医疗事故鉴定意见往往是卫生行政部门行政处罚的依据。在民事诉讼中，法院可能不承认其作为医疗损害责任纠纷的证据效力。国家卫生委员会在《关于实施《医疗纠纷防治条例》的通知》中指出“《医疗事故处理条例》适用于卫生行政部门对发生医疗事故的医疗机构和医务人员的行政处理，不适用于包括赔偿在内的民事纠纷处理。”

医疗损害评估意见是医疗损害责任纠纷中非常重要的证据。由于医疗纠纷涉及医学专业知识，法官和病人不是医务人员，医疗损害纠纷的证据非常依赖于专业的司法评估意见，可以说医疗损害评估结果对诉讼至关重要。

三、鉴定机构不同

医疗事故鉴定由设区的市地方医学会、省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会组织首次医疗事故技术鉴定。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再鉴定。医学会与当地行政区划密切相关，一个地区的医学专业人员往往相互了解。第三方司法鉴定机构一般由委托方法院或医患共同委托进行鉴定。在诉讼过程中，申请人一次鉴定意见不满时，可以向法院申请重新鉴定，申请重新鉴定。

医疗损害鉴定可由医学会或第三方司法鉴定机构进行。也就是说，医学会既可以进行医疗事故鉴定，也可以进行医疗损害鉴定，司法鉴定机构只能进行医疗损害鉴定。